تبلورت فكرة إنشاء المتحف حوالى عام 1891 وذلك لحفظ اثار مدينة الاسكندرية  وانتهى العمل  فى المتحف بصورة متكاملة عام 1895 حيث افتتحه الخديوي عباس حلمى الثانى وكان عدد قاعاته 11 قاعة ونتيجة للنشاط الاثرى وتزايد الاكتشافات زادت عدد قاعاته حتى وصلت 25 قاعة .

ويضم بعض الاثارالتى ترجع الى العصر اليونانى الرومانى وبعض الاثار الفرعونية وقد كشف المتحف عن مقبرتين هامتين احداهما من العصر البطلمي عثر عليه بمنطقة سوق الورديان والاخرى ترجع الى العصر الرومانى وقد تم قطعهما ونقلمها الى الحديقة القبلية للمتحف ويحتوى المتحف على عدة قاعات كل قاعة تضم مجموعة من الاثار فى العصور المختلفة

القاعة 1,2,4,5:

تضم مجموعة هامة من العصر القبطي عثر عليها بالاسكندرية منها لوح رخامى مصور للقديس ابومينا بين جملين رابضين وقاعدة تمثال رخامى عليها نص يخلد تطهير ترعة الاسكندرية القديمة ومجموعة من الاوانى الفخارية التى تصور الفن المصرى على هيئة طيور داجنة وتيجان فخمة من الرخام على هيئة سلال من الخوص المجدول وتمثال للراعى الصالح رمز للسيد المسيح يرجع للقرن السادس الميلادى.

القاعة رقم 3:-

يوجد بهذه القاعة مجموعة من الحلى الذهبية والتماثيل وودائع اساس معبد السيرابيوم والتحف الفنية 

القاعة رقم 6 :-

يعرض بهذه القاعة رأس للاسكندر الاكبر من الرخام الابيض بارتفاع 32 سم وقطعتان من الفسيفساء على الجدارين الشرقي والغربي وتمثال للمعبود حربوقراط وتمثال يجسد الصورة المصرية للإله سيرابيس معبود دولة البطالمة فى هيئة ثور اسود وراس من الجرانيت الاحمر للاسكندر الاكبر وتمثال للالهة ايزيس بملامح رومانية تمسك بيدها اليسرى إناء لحفظ مياه النيل .

القاعة رقم 7 :-

تضم هذه القاعة مجموعة من القطع الاثرية ترجع لعصور مختلفة اقدمها عصر الدولة الوسطى وتمثال ضخم من الجرانيت الوردى لرمسيس الثانى .

القاعة رقم 8:-

يعرض بهذه القاعة مومياوات بطلمية ورومانية وهى توضح مدى ازدياد الاهتمام بدءا من العصر البطلمي بالشكل الخارجى للمومياء .

القاعة رقم 9:-

تضم هذه القاعة جانب من الاثار التى عثر عليها داخل معبد التمساح بقرية بطن بالفيوم وفى الجانب الغربي من القاعة يوجد باب المعبد الخشبي وتعلوه كتابة يونانية  وكذلك لوحتان من الحجر الجيري مكتوبتان باللغة اليونانية وكذلك يوجد جزء من جذع مسلة من الكوارتزيت نقشت بالكتابة الهيروغليفية ويوجد بالقاعة خزانتان توجد بها مجموعة من الاوانى وتماثيل من الارباب المصرية واليونانية .

القاعة رقم 10:-

هذه القاعة تعرف بقاعة جون انطونيادس وهو من مواطنى المدينة اليونانيين وقد اهدى المتحف مجموعاته الاثرية .

القاعة رقم 11:-

تعرض بهذه القاعة القطع الاثرية التى توضح التاثيرات الاغريقية الفنية التى طرأت على مدرسة الفن المصري .

القاعة رقم 12:

يتوسط هذه القاعة تمثال ضخم للامبراطور الرومانى ويرتدى الزى العسكرى الامبراطورى وكذلك راس ضخم لبطليموس الرابع وراس لبطليموس السادس وتمثال من الرخام لسيدة وتمثال لاله الخمر باكوس ورأس لاحدى ملكات البطالمة وراس للاسكندر الاكبر عثر عليها فى قاع  خليج ابى قير ووتمثال لإله النيل .

القاعة رقم 13:-

يتوسط هذه القاعة تمثال لامبراطور رومانى يرتدى حلة عسكرية ويوجد بهذه القاعة بالجدران اربعة محاريب يوجد بها اربعة تماثيل رخامية للخطباء او الفلاسفة .

القاعة رقم 14:-

تضم هذه القاعة مجموعة نادرة من  تماثيل اباطرة روما .

القاعة رقم 15:-

تضم هذه القاعة عناصر معمارية من بقايا مبانى ومقابر الاسكندرية ذات الطابع المصري اليونانى المختلط .

القاعة رقم 16:

وتضم هذه القاعة ساعد ضخم يمسك بكرة وتمثال لنهر النيل على هيئة رجل مترهل وشاهد قبر على هيئة رجل مسن جالس مطرقاً فى هدوء وغطاء ضخم على هيئة كاهنة وتمثال كيريس الهة الزراعة وتمثال لنسر ضخم وتمثال للاله تيخى وتمثال للاله فينوس وتمثال للاله أبوللو وتمثال لاله الحب افروديت .

القاعة رقم 17:

تتميز هذه القاعة بانها اكثر قاعات المتحف رحابة وتعرض مجموعة من الاثار الرومانية من توابيت والمعروف بتوابيت اكاليل الزهور وكذلك اقراص من البازلت الاسود وكذلك تمثال ضخم لشخص جالس على عرش يعتقد انه الامبراطور دقلديانوس وتمثالان من الرخام ضخمان للالهين سرابيس وهيرقل .

القاعة رقم 18:-

تعرض بهذه القاعة العديد من الاوانى الاغريقية الرومانية المستعملة فى الحياة اليومية وفى المعابد وفى المناسبات والاعياد المختلفة ودمى للعب الاطفال على هيئة حيوانات.

القاعة رقم 18 مكرر:-

وهذه القاعة تضم مصدر اجتماعى للتعرف على سيدات الاسكندرية خلال العصر البطلمى ومستوى الجمال البشرى والطبقة الاجتماعية والازياء واساليب تصفيف الشعر وهى احد الينابيع الرئيسية للفن السكندري .

القاعة رقم 19:-

يتوسط هذه القاعة ارضية فسيفساء ملونة مزخرفة بوردة متفتحة ويحيط بكل ركن من اركان الوردة كأس ذو ايادي حلزونية .

القاعة رقم 20:

توجد بهذه القاعة مجموعات من القطع الاثرية المكتشفة من جبانات الشاطبي والحضرة و مجموعة رائعة من القوارير .

القاعة رقم 21:-

تعرض بهذه القاعة مجموعة رائعة من المسارج والاوانى والكؤوس من العصور البطلمية الرومانية 

القاعة رقم 22:-

توجد بهذه القاعة مجموعة متنوعة من القطع الاثرية  بكانوب القديمة وهى مهداه من الامير عمر طوسون وتمثال نادر من الرخام الابيض ورأس رخام للمعبود الاسيوى ومجموعة من الاباريق الفخارية .